该会的年度慈善筹款活动，1998年12月31日首次举办，在当日正午至子夜以队际接力长跑方式，在12小时内不停有一位队员在香港体育学院跑道上跑步。所得款顶，悉数捐助协助长期病患者的再生会。

由于香港体育学院将进行改建，以作为2008年夏季奥林匹克运动会马术项目的主要比赛场地，毅力十二爱心跑在2006年12月31日举办后易地举办，是届参加队伍非常踊跃，有169支队伍、超过1600位跑手参赛。

2007年12月31日毅力十二爱心跑获香港赛马会冠名赞助称为“香港赛马会毅力十二爱心跑2007”，移师到西九龙“中天地”举行，并以“迎接2008北京奥运”为主题，2008位健儿参与长达4小时的慈善接力跑，并为“精英运动员慈善基金”筹款[1]。

2010 年12月31日，该会成功举办了第十届毅力十二爱心跑，并再以香港体育学院作为活动场地。2011年，活动形式将焦点改为小学生精英运动员及其家长，活动名称为“明日精英大检阅暨爱心跑”。

2016年12月31日复办此活动，项目分精英组和校园组，在体院运动场举行，由中午十二时开始。